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皮膚には、マラセチュアや皮膚ブドウ球菌、アクネ桿菌 など約２０～３０種類の雑菌類の一種である、「皮膚常在菌」がいます。 頭皮の脂やフケなどをエサに増殖し、毛髪の生長サイクルを乱す働きをし、 それが異常脱毛による抜け毛や薄毛の原因の一つとなることもあります。
また、皮膚常在菌は１c㎡当たり数十万から数百万個も生息し、皮膚細胞の生命活動と密接に関わりながら一定のバランスを保っています。
しかも同じ皮膚でも頭皮には髪の毛がある関係でちょうど密林のような状態なのでほかの部位よりたくさんの皮膚常在菌が存在しています。
この皮膚常在菌は皮脂成分や古くなって剥がれ落ちた皮膚片・汗などを栄養として脂肪酸を造り、保湿成分の生産や紫外線皮膚透過の抑制、活性酸素を分解する物質の生産などをおこなっています。
また、雑菌・病原菌の定着侵入を抑制するバイオフィルムの役割を持っています。（近年抗菌加工された製品の使用や過剰なまでの清潔志向の結果、皮膚常在菌の減少による細菌に対する抵抗力の低下が心配されています）。
人間の腸内には無数の細菌が存在しています。細菌には善玉菌と悪玉菌があり、そのバランスをうまく調整することによって健康な腸内環境を維持することが出来ます。医学的にも腸内の善玉菌を増やす療法がかなり注目されています。
頭皮をはじめ皮膚の表面も腸と同じで皮膚常在菌が無数に存在しており、この善玉菌と悪玉菌のバランスが崩れることでトラブルが起こります。善玉菌は保湿成分の生産、紫外線によるシミ・ソバカスの抑制、活性酸素を分解する物質の生産などを行っています。
また雑菌、病原菌をはねのけ、アレルゲンやダニが皮膚から侵入しないようにしています。善玉菌が減少し悪玉菌が増殖すると、皮膚の表面の角質細胞にダメージを与え、乾燥肌、敏感肌、アトピー性皮膚炎などの肌トラブルを引き起こす原因となってしまいます。
このような肌トラブルをおこさないためにも、善玉菌が十分に育成しやすい環境を造り、菌のバランスを整えることが大切になってくるのです。
この皮膚常在菌はもちろん頭皮にも顔の皮膚と同様に一定のバランスを保ちながら特に大量に生息しています。皮膚常在菌が分泌するリパーゼ（酵素）によって作られる脂肪酸は、頭皮細胞と毛母細胞の発育に関係しています。
そこで、頭皮の新陳代謝を高め適度な皮脂量を保つ皮膚常在菌のバランスを考えたスキャルプケアが頭皮の健康にとって重要なポイントになります。
そのなかで、皮膚常在菌の一種でカビの仲間である皮膚常在真菌（マラセチア・フルフル）がフケの増加に関係があると言われています。
マラセチアは皮脂が多いと繁殖し、頭皮に刺激を与えることで新陳代謝を活発にします。通常のサイクル以上の速さで新陳代謝が進むとフケが大量に発生することになります。この真菌（カビ）は女性より男性に多く見られ、特に皮脂分泌の多い２０代・３０代に多いと言われています。